Comment l'environnement influence-t-il la dynamique de propagation des virus ? (ULB)
30 juin 2025 - Des chercheurs du Laboratoire d'épidémiologie spatiale (SpELL) de l'ULB analysent les génomes de virus pour tenter de comprendre comment l'environnement influence leur dynamique de propagation. Leurs résultats, publiés dans la revue PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA), ouvre de nouvelles perspectives pour la compréhension des épidémies.
La vitesse de propagation d'un virus au sein des populations infectées peut être influencée par son environnement, notamment par les conditions climatiques ou par la façon dont le sol est utilisé. Une équipe du Laboratoire d'épidémiologie spatiale (SpELL) de l'Université libre de Bruxelles a développé des méthodes d'analyse génétique permettant de mesurer cette influence.
Des "simulateurs" d'épidémies
Quantifier précisément ces influences reste un défi majeur pour les épidémiologistes. " C'est dans ce contexte que l'analyse génétique des virus - aussi appelée 'épidémiologie moléculaire' - constitue une alternative intéressante comparées à des approches épidémiologiques plus standards", explique l'ULB dans un communiqué.
"L'évolution rapide de pathogènes tels que les virus implique que leurs processus évolutifs et écologiques se déroulent à la même échelle de temps ", analyse Simon Dellicour, auteur principal de l'étude et chercheur FNRS directeur du SpELL. Les séquences génomiques de ces pathogènes peuvent contenir des informations sur les processus qui régissent leur dynamique de dispersion.
Dans cette nouvelle étude, les chercheurs proposent d'analyser les génomes d'un virus prélevés au sein d'une même épidémie pour reconstruire les routes de dispersion de ce virus et identifier les facteurs environnementaux impactant leur vitesse de diffusion au sein d'une population. Pour évaluer leurs nouveaux outils, ils ont par ailleurs créé deux simulateurs épidémiologiques permettant de tester et comparer les performances statistiques de ces méthodes.
En accès libre
Les résultats de l'étude, publiés dans la prestigieuse revue PNAS(Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA), permettent de formuler des recommandations claires sur l'utilisation de méthodes statistiquement performantes pour détecter l'impact de variables environnementales sur la dynamique de propagation d'un virus.
Les méthodes développées sont mises à disposition en libre accès, permettant à la communauté scientifique internationale de les utiliser pour étudier les facteurs de propagation virale dans leurs propres contextes de recherche.
"Nous étendons et améliorons les approches existantes et développons trois nouvelles méthodes de phylogéographie du paysage qui peuvent tester l'impact des facteurs environnementaux continus sur la vitesse de diffusion des lignées virales", expliquent les chercheurs. "Afin d'évaluer les différentes méthodes, nous avons également mis en œuvre deux cadres de simulation pour tester et comparer leurs performances statistiques. Les résultats nous permettent de formuler des lignes directrices claires pour l'utilisation de trois approches phylogéographiques paysagères complémentaires qui ont une puissance statistique suffisante et de faibles taux de faux positifs. Nos méthodes open-source sont à la disposition de la communauté scientifique et peuvent être utilisées pour étudier les moteurs de la propagation virale, avec des avantages potentiels pour la compréhension de l'épidémiologie des virus et la conception de stratégies d'intervention adaptées."
