Une nouvelle méthode pour détecter les virus dans les eaux usées

Des scientifiques de la KU Leuven ont développé une nouvelle technique d'analyse permettant de détecter simultanément des centaines de virus dans les eaux usées. La méthode permet également de distinguer différents variants du virus ainsi que de signaler de manière précoce les changements dans la circulation des virus au sein de la population. Les résultats de cette recherche ont été publiés dans la revue scientifique Nature Water.

Les eaux usées servent depuis longtemps à suivre la propagation des virus. Jusqu'à présent on utilisait des tests PCR ciblant un nombre limité d'agents pathogènes présélectionnés.

Des scientifiques de la KU Leuven ont voulu évaluer la possibilité d'un suivi plus large. Ils ont analysé de manière hebdomadaire, pendant plus de deux ans et demi, les eaux d'une station d'épuration Aquafin à Louvain, qui traite les eaux usées d'environ 120.000 personnes.

Grâce à une technique "métagénomique de capture hybride", l'équipe a extrait le matériel génétique des virus, ce qui a permis de détecter les virus en faible concentration et de collecter suffisamment de détails génétiques pour en distinguer plusieurs variants.

Un système de prévention précoce

Au total, les scientifiques ont découvert 339 sortes de virus et 715 souches, dont des rotavirus, norovirus et adénovirus, mais également des agents pathogènes suivis de manière moins systématique.

La méthode peut aussi être utilisée comme système de prévention précoce. Les chercheurs ont par exemple observé, dès avril 2023, un signal clair du parvovirus B19 dans les eaux usées, dont la circulation accrue n'a été signalée que plus d'un an plus tard par les autorités sanitaires belges.

Selon le professeur en virologie Jelle Matthijnssens, des changements peuvent ainsi être détectés avant même que des personnes présentant des symptômes ne se rendent chez le médecin. La technique vise à compléter et non à remplacer la surveillance actuelle des maladies.

Les scientifiques désirent désormais tester leur méthode dans plusieurs stations d'épuration et vérifier si une surveillance presque en temps réel et dans plusieurs endroits en Belgique est réalisable.